Eine große und langjährige Kontroverse in der Evolution der Nadelbäume betrifft die phylogenetischen Beziehungen in der Unterfamilie Cupressoideae (Cupressaceae) zwischen Juniperus, Cupressus und der Hesperocyparis-Callitropsis-Xanthocyparis (HCX)-Klade. Mao et al. rekonstruieren ihre phylogenetischen Beziehungen anhand von Transkriptomdaten.

Koniferen

Alle Baumbildungsmethoden unterstützen stark die Beziehung (HCX, (Juniperus, Cupressus)), trotz stark unterstützter Konflikte zwischen einzelnen Genbäumen. Schnelle evolutionäre Divergenz und unvollständige Abstammungssortierung waren wahrscheinlich zusammen die Quelle für widersprüchliche phylogenetische Schlussfolgerungen zwischen Genbäumen und zwischen unseren robusten Ergebnissen und kürzlich veröffentlichten Studien. Nachfolgende Analysen ergeben ein klareres Bild der biogeografischen Geschichte, jedoch kleine Änderungen gegenüber früheren molekularen Datierungsbemühungen.