Mykorrhiza-Pilze werden für die Keimung und Etablierung von Sämlingen in Orchideen benötigt, daher können Assoziationen an der Bestimmung der Hybridisierung zwischen Arten beteiligt sein. Jacquemyn et al. zeigen, dass in drei Arten der Gattung Orchis (O. anthropophora, O. Militaris und O. purpurea)-Samen, die aus Hybridkreuzungen stammen, keimen leicht im Feld, und Protokormen zeigen Überschneidungen in Mykorrhiza-Assoziationen mit ihren jeweiligen Eltern. Daher scheinen Assoziationen bei diesen Arten wenig zur reproduktiven Isolation beizutragen.