Die PHYlogenie-Inferenzpaket, PHYLIP, geschrieben von Joe Felsenstein (University of Washington), hat den Meilenstein erreicht, 30 Jahre alt zu sein. Fast jeder neuere Band von Annals of Botany hat Artikel, die dieses Programm zur Datenanalyse verwenden, unter den 32,000 Artikeln, die es seit 1980 veröffentlicht haben und in denen es zitiert wird. Es gibt nur wenige Softwarepakete, die den Test der Zeit über so viele Computergenerationen hinweg bestanden haben – ich verwende es regelmäßig, seit ich ein war Doktorand. PHYLIP wurde lange vor den WIMP-Schnittstellen (Fenster, Symbole, Maus, Zeiger) entwickelt und behält dennoch seine modulare Einfachheit und Vielseitigkeit bei. Es ist deutlich unwahrscheinlicher, dass Sie mit Garbage-in und Garbage-out enden, keiner der Algorithmen ist proprietär, es gibt eine riesige Literatur zum Programm und die Dokumentation ist ein Muster an Klarheit. Ich fühle mich immer unwohl mit den großen modernen Informatik-Analysepaketen, bei denen man so „geschützt“ (oder ist das „ungeschützt“?) vor den Algorithmen ist, und hinter den PHYLIP-Methoden eine solide (wenn auch manchmal kontroverse) Literatur steht.
In dieser Zeit hat Dr. Felsenstein das Programm weiter ausgebaut, und neben der Dokumentation gibt es eine Phylip-Facebook-Seite, auf der er auf jede Anfrage von der einfachsten bis zur fortschrittlichsten antwortet. Trotz der weit verbreiteten Verwendung von PHYLIP und dem Wert für eine breite Community, die Anti-Bestätigungen am Ende der Credits-Seite sind ebenfalls interessant zu lesen und zeigen, wie schwierig die Finanzierung der Entwicklung und Veröffentlichung einer so weit verbreiteten Methode sein kann.
Aufgrund seiner unkomplizierten Art verwende ich PHYLIP regelmäßig in Kursen – in der Grundstufe über eines der vielen Web-Interfaces, sodass kein Download und keine Installation erforderlich sind. Eine meiner Verwendungen ist unter gezeigt www.BS1008.molcyt.com : Die Schüler bewerten eine Reihe von Blattmerkmalen von Bäumen und Sträuchern, die Immergrüne (Quercus ilex und Osmanthus) zusammen klassifizieren, und vergleichen dies dann mit DNA-Daten, die einer natürlichen Klassifizierung folgen und Eichen zusammenliegen. Eine weitere leicht zu visualisierende Anwendung von PHYLIP für den Unterricht ist das Erarbeiten von Beziehungen zwischen schottischen Whiskys. Ein Buch des zweitberühmtesten Michael Jackson (nach dem Herausgeber von AoB Plants) klassifiziert 109 verschiedene Malt-Whisky-Sorten auf der Grundlage von 68 organoleptischen Eigenschaften (Farbe, Geruch, Körper, Gaumen und Abgang) veröffentlichten Lapointe und Legendre eine „Klassifizierung reiner Malt Scotch Whiskys“. (Angewandte Statistik. 1994; 43(1):237; http://dx.doi.org/10.2307/2986124 (Archiv Repository-Version hier verfügbar; Daten Matrix für die Analyse ist hier auf der Website von Pierre Legendre, und er hat eine andere verwandte Abhandlung über Abstandsmatrizen zwischen Malt Whiskys).
Alles Gute zum Geburtstag, PHYLIP, und herzlichen Glückwunsch an deinen Schöpfer.
Bearbeiten 1. Dez: Link zur Datenmatrix für Malt Whisky (nicht Whisky) hinzufügen.
Peter Bradbury vom USDA, Cornell, weist auch auf andere nützliche SNP-Analyseprogramme hin:
QUASTE, http://www.maizegenetics.net/tassel Emma, http://mouse.cs.ucla.edu/ PLINK, http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink/ Haploview, http://www.broadinstitute.org/haploview
Es gibt auch PowerMarker, http://statgen.ncsu.edu/powermarker/ die ich auch in Kursen verwende und die das einfache Einfügen von Excel-formatierten Daten ermöglicht.
