Die retikuläre Evolution, gekoppelt mit reproduktiven Merkmalen, die weitere interspezifische Rekombinationen einschränken, führt zu gemischten Mosaiken aus großen genomischen Fragmenten der angestammten Taxa. Whole-Genome Sequencing (WGS)-Daten sind leistungsstarke Werkzeuge, um solch komplexe Genome zu entschlüsseln, aber immer noch zu kostspielig, um für große Populationen verwendet zu werden. Das Ziel dieser Arbeit war es, einen Ansatz zu entwickeln, um phylogenomische Strukturen in diploiden, triploiden und tetraploiden Individuen aus Sequenzierungsdaten in Bibliotheken mit reduzierter Genomkomplexität abzuleiten. Der Ansatz wurde auf die Kultivierten angewendet Zitrus Genpool, der aus der Retikulat-Evolution resultiert, an der vier Vorfahren-Taxa beteiligt sind, C. maxima, C. medica, C. micrantha und C. reticulata.

Unter 43,598 abgebauten SNPs, Ahmed et al. identifizierten einen Satz von 15,946 DSNPs, die das gesamte Genom mit einer Verteilung ähnlich der von Gensequenzen abdecken. Der Satz leitete effizient den phylogenomischen Karyotyp der 53 analysierten Akzessionen ab und lieferte Muster für gemeinsame Akzessionen, die denen sehr nahe kommen, die zuvor unter Verwendung von WGS-Daten ermittelt wurden. Die komplexen phylogenomischen Karyotypen von 21 kultivierten Zitrusfrüchten, darunter Bergamotte, triploide und tetraploide Limetten, wurden zum ersten Mal enthüllt.

Die online verfügbare Pipeline leitete effizient die phylogenomischen Strukturen von diploiden, triploiden und tetraploiden Zitrusfrüchten ab. Es wird für alle Arten nützlich sein, deren Fortpflanzungsverhalten zu einem interspezifischen Mosaik aus großen genomischen Fragmenten geführt hat. Es kann auch für die ersten Generationen interspezifischer Zuchtschemata verwendet werden.