In den letzten Jahren wurde eine zunehmende Anzahl von langen nicht-kodierenden RNAs (lncRNAs) in Menschen, Tieren und Pflanzen identifiziert, und es wurde gezeigt, dass einige von ihnen eine wichtige Rolle in verschiedenen biologischen Prozessen spielen. Es wurde jedoch wenig über den Regulationsmechanismus der lncRNA-Biogenese und -Expression gearbeitet, insbesondere in Pflanzen. Verglichen mit Studien zu Tomaten-MADS-Box-Transkriptionsfaktor-RIPENING-INHIBITOR (RIN)-Zielkodierungsgenen gibt es nur wenige Berichte über seine Beziehung zu nicht-kodierenden RNAs. Das Ziel der vorliegenden Studie war es, die spezifische Rolle von RIN-Target-lncRNAs bei der Entwicklung und Reifung von Tomatenfrüchten zu identifizieren und zu untersuchen.

lncRNA-Ziele von RIN wurden durch Chromatin-Immunpräzipitationssequenzierung (ChIP-seq) in Kombination mit RNA-Tiefensequenzierungsanalyse identifiziert. Yu et al. identifizierten 187 lncRNAs als direkte RIN-Ziele, die RIN-Bindungsstellen in ihren Promotoren aufwiesen und eine unterschiedliche Expression zwischen dem Wildtyp und der rin-Mutante zeigten. Es wurde gezeigt, dass sechs Ziel-lncRNAs direkt in ihren Promotoren an RIN binden in vivo und in vitro. Darüber hinaus zeigte die Verwendung der CRISPR/Cas9-Technologie zum Ausschalten des Locus der Ziel-lncRNA2155, dass sie die Fruchtreife in Tomaten verzögerte.

Zusammengenommen bieten diese Ergebnisse neue Einblicke in RIN bei der Transkriptionsregulation von lncRNAs und legen nahe, dass lncRNAs zu einem besseren Verständnis des RIN-Regulationsnetzwerks beitragen werden, das die Fruchtreifung steuert.