Die Website Quantitative Plant wurde entwickelt, um Forschern, die Pflanzen analysieren müssen, dabei zu helfen, den richtigen Bilddatensatz, das richtige Werkzeug oder das richtige mathematische Modell für ihre Forschung zu finden.

Was 2013 lediglich a Datenbank zur Analyse von Pflanzenbildern hat sich zu einer umfassenden Datenbank mit öffentlichen Datensätzen für Pflanzenphänotypisierung, Bildanalyse-Software-Tools und Modellen für Pflanzen entwickelt

Auf der linken Seite befindet sich das Quantitative Plant-Logo: ein Kreis mit Zahnrädern, einem Blatt und einem Computermonitor und Turm darin. Der Text "Quantitative Plant" ist rechts.

Verwaltet von Guillaume Lobet und Clément Saint Cast, der Quantitative Pflanze Die Website verfügt über 180 Bildsoftware-Tools, 31 Bilddatensätze und 101 Pflanzen- und Pflanzenmodelle (Stand: März 2022).

Guillaume Lobet, Assistant Professor in einer gemeinsamen Position des Forschungszentrums Jülich und der UCLouvain, ist ein Pflanzenliebhaber, der sich leidenschaftlich für Open Science einsetzt. Ich fragte ihn warum.

„Das Erfassen von Datensätzen ist eine langwierige und (manchmal) teure Angelegenheit. Das öffentliche Teilen eines Datensatzes kann seine Kosten senken und gleichzeitig seine Reproduzierbarkeit und weitere Verwendung erhöhen. Datenrepositorys und der Aufstieg von Datenjournalen können sogar dazu beitragen, mehr Zitate zu erhalten. Reproduzierbarkeit ist entscheidend, daher sollten nicht nur Daten offen sein, sondern auch Software und mathematische Modelle. Code-Repositories können verhindern, dass akademische Software und Tools untergehen, nachdem die Finanzierung und Anreize abgelaufen sind. Es bietet mehr Möglichkeiten für eine langfristige Wartung durch Zusammenarbeit und kann beim Debuggen des Codes und der Versionskontrolle helfen. Letztendlich kann jeder Schritt im Forschungsprozess geöffnet werden und die Werkzeuge dafür sind verfügbar“, erklärt Guillaume Lobet.

Wie umfangreich ist die Website von Quantitative Plant? Wenn sich ein Tool im öffentlichen Raum befindet, wird es von Guillaume Lobet und Clément Saint Cast manuell kuratiert. Wenn etwas fehlt, freuen sie sich über Einsendungen.

Die Online-Datenbank ist nicht nur eine Liste von Werkzeugen und mathematischen Modellen. Jede wird prägnant in einem konsistenten Rahmen präsentiert und durch ihre allgemeinen Merkmale (z. B. untersuchter Pflanzenteil) und ihre Verwendung (z. B. untersuchte Arten) beschrieben. Sie werden von einem oder mehreren wissenschaftlichen Artikeln referenziert, in denen ihre Eigenschaften oder Erfolgsgeschichten vorgestellt werden.

Diese beschreibenden Informationen ermöglichen es Benutzern, die Datenbank mit Schlüsselwörtern abzufragen oder sie nach vordefinierten Kriterien wie dem zu analysierenden Organtyp, den durchzuführenden Messungen, der Pflanzenart, dem Lizenztyp und dem Betriebssystem zu durchsuchen.

Ein Screenshot der Quantitative Plant-Website. Die Kopfzeile zeigt oben Links zu Bildsoftware-Tools, Bilddatensätzen und Pflanzen- und Pflanzenmodellen. Es gibt auch Links zu API, Senden, Über und Zitieren der Website. Derzeit sind 180 Werkzeuge, 31 Datensätze und 101 Modelle archiviert. Es gibt auch ein Textfeld zum Durchführen von Suchen. Die Unterüberschrift enthält Dropdown-Menüs, in denen Anlagenorgan, Messungen, Betriebssystem, Lizenztyp und Automatisierungsgrad ausgewählt werden können. Darunter enthält das Bild Kästchen für eine Auswahl von Modellen, einschließlich ihres Namens, Logos oder repräsentativen Bildes, des Pflanzenorgantyps, der Messung, der Symbole, die das Betriebssystem darstellen, und des Jahres der Aufnahme in die Datenbank.

„Wir glauben, dass öffentliche Ressourcen wie diese eine Möglichkeit zum Austausch und zur Kommunikation über die Entwicklung neuer Tools und Modelle bieten, aber auch die Zusammenarbeit und Verbindung zwischen den Phänomik- und Modellierungsgemeinschaften erleichtern werden.“

Eine umfassende Datenbank mit öffentlichen Datensätzen zur Pflanzenphänotypisierung finden Sie auf der Quantitative Plant-Website unter https://www.quantitative-plant.org.