Die Gattung Solanum umfasst wichtige Gemüsekulturen und ihre wilden Verwandten. Die Einkreuzung ihrer nützlichen Merkmale in Elite-Sorten erfordert eine effektive Rekombination zwischen Homo(e)ologen, die teilweise durch die Differenzierung der Genomsequenz bestimmt wird. in dieser Studie Gaiero et al. verglichen die repetitiven Genomfraktionen wilder und kultivierter Arten der Kartoffel- und Tomatenkladen in einem phylogenetischen Kontext.

All-to-All-Ähnlichkeitsvergleich von Sequenz-Reads von Solanum-Arten basierend auf der Cluster-Zusammensetzung aller 13 in dieser Studie eingeschlossenen Arten.
Vergleich der Ähnlichkeit aller Sequenzen von Solanum-Arten basierend auf der Clusterzusammensetzung aller 13 in dieser Studie enthaltenen Arten. Die Balkendiagramme zeigen die Größe des repetitiven Anteils des Genoms, dargestellt als Prozentsatz jedes Genoms. Verschiedene Farben repräsentieren verschiedene Wiederholungsfamilien. (A) Relative Häufigkeit eingestreuter Wiederholungen. (B) Relative Häufigkeit von Tandemwiederholungen. Siehe Gaiero et al. 2018 für Artencodes.

Wiederholungshäufigkeit und Genomgröße wurden korreliert, und es wurde festgestellt, dass die größeren Genome von Arten in der Tomatenklade einen höheren Anteil an nicht klassifizierten Elementen enthielten. Familien und Abstammungslinien sich wiederholender Elemente wurden zwischen den Kladen weitgehend konserviert, aber ihre relativen Anteile waren unterschiedlich. Die häufigsten Wiederholungen waren Ty3/Zigeuner Elemente.

Die Wiederholungsprofile in Solanum scheinen trotz Genomdifferenzierung auf der Ebene der Kollinearität sehr ähnlich zu sein. Die Entfernung von transponierbaren Elementen durch ungleiche Rekombination könnte für strukturelle Umlagerungen in der Tomaten-Klade verantwortlich gewesen sein. Die Sequenzvariabilität in der Tomaten-Klade ist kongruent mit der Klade-spezifischen Amplifikation von Wiederholungen nach ihrer Divergenz von S. etuberosum und Kartoffeln. Die geringe Differenzierung zwischen Kartoffeln und ihren wilden Verwandten auf der Ebene eingestreuter Wiederholungen kann die Schwierigkeit bei der Unterscheidung ihrer Genome durch genomische In-situ-Hybridisierungstechniken erklären.