Es ist wenig darüber bekannt, warum einige Rhizobien-Stämme keine erfolgreichen symbiotischen Verbindungen mit Leguminosen bilden. Melino et al. Vergleich inkompatibel (kein N₂-Fixation) und schlecht verträglich (reduzierter N₂-Fixierung) Assoziationen zwischen vier Klee-Genotypen (trifolium spp.) und vier Stämme von Rhizobium leguminosarum z.B. trifolii und bewerten Sie die symbiotische Wirksamkeit durch eine Vielzahl von Maßnahmen. Sie finden drei Hauptreaktionen auf Inkompatibilität, nämlich fehlgeschlagene bakterielle Endozytose von Infektionsfäden in kortikale Pflanzenzellen, Bakteroiddifferenzierung, die vorzeitig abgebrochen wird, und ein reduzierter Pool funktioneller Bakteroide als Folge vorzeitiger Seneszenz. Somit können nun schwache Pflanzenwachstumsreaktionen, die aus Knötchenbildung durch inkompatible Stämme resultieren, mit spezifischen morphologischen Aberrationen in Verbindung gebracht werden.