Vandenboschia speciosa ist eine sehr gefährdete Farnart mit einem großen Genom (10.5 Gb). Haploide Gametophyten und diploide Sporophyten sind mehrjährig, können sich vegetativ vermehren und bestimmte Populationen bestehen nur aus unabhängigen Gametophyten. Diese Eigenschaften machen diesen Farn zu einem guten Modell:
- für die Hochdurchsatzanalyse von Satelliten-DNA (satDNA) zur Untersuchung möglicher evolutionärer Trends in satDNA-Sequenzmerkmalen;
- um den relativen Beitrag von satDNA und anderen repetitiven DNAs zu seinem großen Genom zu bestimmen; Und
- um zu analysieren, ob der Reproduktionsmodus oder Phasenwechsel zwischen lang andauernden haploiden und diploiden Stadien die SatDNA-Häufigkeit oder -Divergenz beeinflusst.
Ruiz-Ruano et al. analysierten den sich wiederholenden Anteil des Genoms dieser Art in drei verschiedenen Populationen (eine bestand nur aus unabhängigen Gametophyten) mithilfe von Illumina-Sequenzierung und bioinformatischer Analyse mit RepeatExplorer und satMiner.
Sie fanden heraus, dass längere (und ältere) Satelliten in V. speciosa haben einen höheren A + T-Gehalt und entwickeln sich aus kürzeren, und in einigen Fällen waren Mikrosatelliten eine Quelle für neue satDNAs. Interessanterweise erklärt das Satellit nicht die riesige Genomgröße in dieser Spezies, während TEs die wichtigste repetitive Komponente der sind V. speciosa Genom und tragen hauptsächlich zu seinem großen Genom bei. Sie fanden auch heraus, dass der Reproduktionsmodus oder Phasenwechsel zwischen Gametophyten und Sporophyten keine Akkumulation oder Divergenz von Satelliten mit sich bringt.
