Die AoBP ECOS-Awards feiern Forscher, die erhebliche Anstrengungen unternommen haben, um die Ziele und Ideale von Open Science voranzutreiben. Heute konzentrieren wir uns auf die Errungenschaften von Larry York (Noble Research Institute), einer von drei Empfängern der ECOS Awards 2020. Larry beeindruckte die Jury als echter Verfechter von Open Science mit einer beispielhaften Erfolgsbilanz, die Open-Access-Veröffentlichungen, Open-Source-Softwarepakete und offen verfügbare Datensätze umfasst. Nachfolgend können Sie über Larrys Arbeit lesen und wie er glaubt, dass sein ECOS-Preis dazu beitragen wird, Open Science an seiner Institution zu fördern.
Eine Leidenschaft, Wissen zu teilen
Durch Lehren und offene Forschung entwickelte Larry eine Vorliebe dafür, Wissen mit anderen zu teilen. Ein Teil seines Engagements für Open Science wird von der ethischen Überzeugung angetrieben, dass Wissen ermächtigend ist und allen zur persönlichen Verbesserung und zum Nutzen der Gesellschaft kostenlos zur Verfügung stehen sollte. Larry ist sehr leidenschaftlich daran interessiert, Wissen zu teilen, insbesondere über Wurzeln, sowohl an seiner eigenen Institution als auch mit der breiteren Gemeinschaft. Er ist sehr aktiv auf Twitter (@LarryMattYork und @RootPhenomics) und führt die aus @RootBiologyNews Konto, um einen einfachen Zugang zu Informationen über Pflanzenwurzeln zu ermöglichen.
Mit gutem Beispiel voran
Larry hofft das AoBP Der ECOS-Preis wird dazu beitragen, Open-Science-Praktiken an seiner Heimatinstitution bekannt zu machen und andere Pflanzenforscher dazu inspirieren, alles in ihrer Macht Stehende zu tun, um Manuskripte, Daten, statistischen Code und Software auszutauschen. Seit er die Leitung des Root Phenomics Laboratory am Noble Research Institute übernommen hat, geht er mit gutem Beispiel voran. Alle Publikationen aus seinem Labor wurden Open Access veröffentlicht, Daten wurden online verfügbar gemacht und zwei Open-Source-Softwarepakete wurden auf GitHub und Zenodo veröffentlicht. Er hat sich auch für die Einführung von Open-Science-Praktiken an seiner Institution eingesetzt und als Teil seines Dienstes im Data Management Committee einen Rahmen mitgeschrieben, um dies zu erleichtern. Larry hat auch mehrere Workshops organisiert und mitorganisiert, die sich auf die Wurzelphänotypisierung konzentrierten, wie beispielsweise einen, der mit organisiert wurde IPPN bei Noble im Jahr 2019, und ein bevorstehender Online-Workshop, der gemeinsam mit Dr. Lindsay Triplett und dem organisiert wird Amerikanische Phytopathologische Gesellschaft.
Open-Source-Root-Phänomik
Larry freut sich sehr über das neueste Open-Science-Projekt, das aus dem Root Phenomics Lab hervorgeht. RhizoVision Explorer (oben) ist ein neues, kostenloses Open-Source-Softwarepaket, das von Wurzelbiologen für alle entwickelt wurde, die Wurzelmessungen in ihre Arbeit einbeziehen möchten (Veröffentlichung wird für Ende September 2020 erwartet). Die Hardwarepläne für sein Labor RhizoVision-Krone Phänotypisierungsplattform sind ebenfalls ausführlich dokumentiert und wurden online geteilt. Das Labor hat einen Preprint auf veröffentlicht Phänotypisierung der Nährstoffaufnahme Raten durch Wurzeln und arbeitet derzeit an einem Manuskript, das sich auf die Wurzelatmung konzentriert. Zukünftige Plattformen sind für die Bildgebung im Labor und im Feld geplant (z. B. der unten gezeigte Bildgebungswagen).
Nützliche Links zu Larrys Arbeit
Noble Institute Root Phenomics Lab-Website
Forscherprofil
Larry wuchs im Südosten von Kentucky auf, eingebettet in den Daniel Boone National Forest, und schloss 2006 seinen Bachelor in Biologie an der University of Kentucky ab. Gegen Ende seines Bachelor-Programms begann er sich für ein ökologisches Modellierungsproblem zu interessieren, das Wurzelwechselwirkungen beinhaltet und hat seitdem leidenschaftlich in der Wurzelbiologie. Er promovierte 2014 in Ökologie an der Pennsylvania State University. Seine Dissertationsforschung konzentrierte sich auf die Wechselwirkungen der Architektur des Maiswurzelsystems, der Physiologie und der Umgebung für die Stickstoffaufnahme. Er absolvierte Postdoc-Positionen an der University of Nottingham und der University of Missouri, bevor er 2017 an die Fakultät des Noble Research Institute, einer gemeinnützigen landwirtschaftlichen Forschungsorganisation, wechselte. Dort gründete er das Root Phenomics Lab, in dem sich die aktuelle Arbeit auf Pflanzenarchitektur und Physiologie mit aktivem Einsatz der funktionale phenomics Pipeline, insbesondere im Hinblick auf die Optimierung des Wurzelkohlenstoffbudgets und der Aufnahmefähigkeit. Für die Zukunft ist geplant, mehr über die Rolle der Wurzeln bei der Bodengesundheit zu studieren und sogar Software, die für die Pflanzenphänotypisierung entwickelt wurde, auf die Bodenphänotypisierung zu übertragen.
