Reichlich Retrotransposons in Zwiebel- und Spargelgenomen
Reichlich Retrotransposons in Zwiebel- und Spargelgenomen

Einkeimblättrige Pflanzen werden in 11 Ordnungen eingeteilt: Acorales, Alismatales, Petrosaviales, Dioscoreales, Pandanales, Liliales, Asparagales, Arecales, Poales, Commelinales und Zingiberales, wobei die letzten vier in die Gruppe der Commeliniden eingruppiert werden. Unter diesen sind die Spargel nach den Poales (Gräsern) möglicherweise die zweitwichtigsten für die Landwirtschaft und den Gartenbau. Zu den Spargeln gehören die Orchidaceae mit >30,000 Arten, aber auch wichtige Kulturpflanzen wie Aloe (Aloe Vera), Agave (Agave Tequilana), Spargel (Spargel officinalis), Knoblauch (Allium sativum), Lauch (Lauch ampeloprasum), Zwiebel (Allium cepa) und Vanille (Vanille planifolia), sowie Zierpflanzen wie Yuccas, Amaryliden, Narzissen, Schwertlilien. Mit einem jährliche Weltproduktion von >95 Mt, ist es nach den Solanales (einschließlich Kartoffeln, Tomaten, Paprika und Auberginen) und den Cucurbitales (einschließlich Melonen, Gurken und Kürbissen) die am dritthäufigsten angebaute Gruppe für die Gemüseproduktion in der Welt.

Um unser Verständnis der Genomentwicklung bei Monokotyledonen zu erweitern, wurde kürzlich ein Artikel in Annals of Botany untersucht Spargel- und Zwiebelgenome mit besonderem Schwerpunkt auf der Charakterisierung von Long Terminal Repeat (LTR)-Retrotransposons. Die Ergebnisse zeigen, dass LTR-Retrotransposons die Hauptkomponenten der Zwiebel- und Gartenspargelgenome sind. Diese Elemente sind größtenteils intakt (dh mit zwei LTRs), haben sich hauptsächlich innerhalb der letzten 6 Millionen Jahre eingefügt und sind zu verschachtelten Strukturen aufgeschichtet. Einige Familien sind besonders zahlreich geworden, bis zu 4–5 % (Spargel) oder 3–4 % (Zwiebel) des Genoms für die am häufigsten vorkommenden Familien, wie auch bei großen Grasgenomen wie Weizen und Mais. Obwohl frühere Anmerkungen zusammenhängender genomischer Sequenzen darauf hindeuteten, dass LTR-Retrotransposons in diesen beiden Asparagales-Genomen stark fragmentiert waren, zeigen diese Ergebnisse, dass dies größtenteils auf die verwendete Methodik zurückzuführen war. Im Gegensatz dazu weist diese Arbeit auf ein Ensemble von genomischen Merkmalen hin, die denen ähneln, die bei Poaceae beobachtet werden.