Die Bodenumgebung, der natürliche Pflanzenpopulationen ausgesetzt sind, ist ziemlich komplex. Bakterien sind Hauptakteure im Boden mit Zellzahlen, von denen angenommen wird, dass sie sich 1 × 10 nähern⁹ –1.5 × 10¹⁰ pro Gramm Erde, die über 4000 einzigartige Genome bilden. Diese Bakterien nehmen stark am Nährstoffkreislauf sowie am engen Austausch mit Sporophytenwurzeln teil. Die Kommunikation zwischen Bakterien und Wurzeln erfolgt sowohl über chemische als auch über hormonelle Signale, die direkt Veränderungen im Pflanzenverhalten und in der Morphologie auslösen können. Die Wechselwirkung zwischen der Sporophytenwurzel und Bakterien und zwischen den Sporophytenwurzeln selbst ist gut untersucht. Weniger erforscht sind die möglichen Beziehungen zwischen freilebenden Gametophyten und Bodenbakterien.

In einem kürzlich veröffentlichten Artikel in AoBP, Ganger et al. ein Bodenbakterium zu identifizieren und seine Auswirkungen auf die sexuelle und Rhizoidenentwicklung im Farn zu untersuchen Ceratopteris richardiiDie vielzellige haploide Pflanzengeneration (Gametophyt) ist für die Spermien- und Eizellenproduktion verantwortlich. C. RichardiiGametophyten leben frei im Boden und können sich entweder zu Männchen oder zu Zwittern entwickeln. Diese Entwicklungsentscheidung ist nicht genetisch programmiert, sondern wird durch Umwelteinflüsse bestimmt. Ein von Zwittern freigesetztes Pheromon, das Antheridiogen, bewirkt die Entwicklung der Individuen zu Männchen. Das Vorhandensein des Bakteriums Pseudomonas nitroreducens Es blockiert die männliche Geschlechtsentwicklung und führt dazu, dass sich mehr Individuen zu Hermaphroditen entwickeln. Das Bakterium bewirkt außerdem, dass sich sowohl bei Männchen als auch bei Hermaphroditen längere, aber weniger Rhizoiden entwickeln.